Ребёнок 2,4 года хватает себя за рот и трёт его — связано ли с зубами

По описанию похоже, что дискомфорт связан именно с прорезыванием последнего верхнего зуба: пока не прорежутся все его бугры, десна в этой зоне остаётся раздражённой, а ощущение может ощущаться ребёнком как более общее, не строго в месте прорезывания. Передние зубы, о которых вы пишете, уже сформированы и дальше не растут, поэтому если малыш тянется именно к передней части рта, стоит рассматривать и другие причины раздражения слизистой, а не только зуб в углу.

Отсутствие боли при еде и то, что педиатр недавно не увидела отклонений, действительно снижают вероятность выраженного стоматита — при нём обычно есть более явные проявления. Но полностью исключить лёгкое раздражение слизистой, небольшую микротравму или начинающиеся изменения без личного осмотра нельзя: если слизистая розовая, без налёта и высыпаний, то с высокой вероятностью причина в прорезывании последнего зуба, а поведение постепенно уменьшится, когда зуб полностью выйдет.

Я рекомендую показать ребёнка очно детскому стоматологу, а не педиатру — доктор осмотрит именно полость рта и десну в области прорезывающегося зуба и подтвердит, что тревожных изменений нет. До осмотра можно предложить охлаждённый силиконовый прорезыватель и безрецептурный гель, предназначенный для облегчения прорезывания зубов, без превышения указанной в инструкции частоты применения.