Энтерококки относятся к условно-патогенной флоре, которая в норме может присутствовать на слизистых, включая уретру, и в небольшом титре (10⁴) без жалоб обычно не требует лечения. Учитывая, что у вас есть симптомы — жжение, учащённые позывы, субфебрильная температура — врач правомерно счёл ситуацию неспецифическим уретритом и назначил антибактериальную терапию, поскольку клиника в сочетании с высевом микроорганизма даёт основание для лечения, даже если ИППП не подтверждены.
По поводу пути попадания: строго говоря, энтерококки действительно чаще ассоциируются с кишечной флорой, но они нередко обнаруживаются и в ротовой полости, особенно при нарушении микробного баланса у партнёра. Полностью исключить занос через оральный контакт нельзя, хотя это и не самый типичный сценарий — возможна также активация собственной условно-патогенной флоры уретры на фоне местного раздражения или снижения местного иммунитета после контакта.
Отрицательный результат ПЦР на классические ИППП — хороший признак, и повторно сдавать его сразу нет смысла, если симптомы регрессируют на фоне лечения. Стоит пройти полный курс назначенного антибиотика, после — контрольный посев мочи и мазок из уретры на микрофлору, чтобы подтвердить санацию. Если жжение, выделения или дискомфорт сохранятся после курса, а также при появлении болей в промежности, крови в моче или повышении температуры — нужно очно показаться урологу для дополнительного обследования, включая исследование секрета предстательной железы.