По описанной картине - боли под правым ребром с отдачей в лопатку и поясницу, вздутие, тошнота, субфебрильная температура после холецистэктомии - действительно нужно исключать проблемы со стороны желчевыводящих путей: возможен мелкий камень в протоке или воспаление желчных путей. Для уточнения обычно рекомендуют МРТ брюшной полости с прицельной оценкой желчных протоков (МРХПГ) и очный осмотр хирурга с пальпацией живота. Также по результатам обследования у вас описаны изменения толстой кишки (дивертикулы), которые сами по себе могут давать похожую боль, вздутие и подъём температуры за счёт воспаления в этой зоне - это тоже нужно учитывать.
Обнаружение кишечной палочки и повышенного количества золотистого стафилококка в анализе кала действительно может быть значимым, особенно на фоне ухудшения самочувствия после отмены антибактериального препарата раньше срока. Курс антибиотика прерывать досрочно нежелательно - это может снижать эффективность лечения и способствовать сохранению инфекции, поэтому решение о дальнейшей тактике (продолжать тот же препарат, менять схему, добавлять пробиотики) должен принимать очно наблюдающий вас врач с учётом всех анализов.
Чёрный стул - отдельный тревожный признак, который важно не оставлять без внимания: он может быть связан с приёмом препаратов, содержащих висмут (они действительно окрашивают стул в тёмный цвет), но такая же картина бывает при кровотечении из верхних отделов желудочно-кишечного тракта, поэтому это нужно обязательно уточнить очно, а при нарастании слабости, головокружения, усилении болей или повторном подъёме температуры - обратиться за неотложной помощью. В целом ситуация требует очной консультации гастроэнтеролога и хирурга с повторным осмотром и, возможно, дополнением обследования (МРХПГ, фекальный кальпротектин, контроль анализов крови и кала) для точного определения причины и коррекции лечения.