Омепразол — это не антибиотик, а средство, подавляющее избыточную секрецию соляной кислоты в желудке, его назначают при гастрите, рефлюксе и язвенной болезни. На микрофлору половых путей и на возбудителя трихомониаза он не действует, поэтому повлиять на результат исследования не может.
Ложноотрицательный результат может возникнуть при недавнем приёме антибиотиков широкого спектра или противопротозойных препаратов, а также при нарушении техники забора материала — но не из-за омепразола.
Дополнительных поводов для тревоги по описанной ситуации не видно. Для повышения точности диагностики трихомониаза рекомендую в дальнейшем ориентироваться на ПЦР-исследование, оно чувствительнее классического посева, а при любых сомнениях в результатах — обратиться на очный приём для повторного обследования.